W owym okresie, znacznego wzrostu bazy i przemiany specyficznej szkoły pomaturalnej w wyższą uczelnię techniczną, jej rektorem był J.M. prof. dr hab. kpt. ż.w. Daniel Duda. Ulica Morska nosiła ówcześnie nazwę Czerwonych Kosynierów.
Akademia Morska w Gdyni mały|Uroczystości wyjścia Daru Młodzieży w Rejs Niepodległości, 2018 W 2001 uczelnia otrzymała status akademii i nazwę Akademia Morska w Gdyni. Rektorami od tego czasu byli Piotr Przybyłowski (do 2002), Józef Andrzej Lisowski (2002–2008), Romuald Cwilewicz (2008–2012)Forum Akademickie, Piotr Jędrzejowicz (2012–2016), Janusz Zarębski (od 2016).
Do 2009 roku studenci odbywali obowiązkowe, trwające 4 semestry (wcześniej, w WSM było to 6 semestrów) szkolenie wojskowe, składając przysięgę wojskową i otrzymując w jego trakcie niższe stopnie wojskowe, zwykle marynarza, starszego marynarza i mata oraz nosząc tytuł podchorążego. Szkolenie wojskowe kończył egzamin oficerski, potwierdzany świadectwem. Obecnie Studium Wojskowe wycofano z programu nauczania.
Uniwersytet Morski w Gdyni Na podstawie rozporządzenia Ministra Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej z dnia 2 lipca 2018 roku Akademia Morska w Gdyni z dniem 1 września 2018 roku przyjęła nazwę Uniwersytet Morski w Gdyni. Rektorem był wówczas prof. dr hab. inż.