W 1996 roku w Kongu wybuchła wojna domowa, co utrudnia prowadzenie parku narodowego. W wyniku konfliktu w 2001 roku zabity został srebrnogrzbiety samiec – głowa rodziny Rugendo. W 2003 roku pomimo podpisanego porozumienia pokojowego, walki i kłusownictwo w parku trwały nadal. W 2006 roku lokalne grupy militarne wybiły 400 hipopotamów, by zdobyć kły na sprzedaż i pożywienie dla oddziałów. Wskutek tego w parku ostało się zaledwie 629 hipopotamów – w latach 60. i 70. XX w. było ich 30 tys.
W 2007 roku zabito kolejne 7 goryli. Masakra zwierząt doprowadziła do zwiększenia wysiłków na rzecz ochrony parku. W 2008 roku Kongijski Instytut ds. Ochrony Przyrody (fr. Institut Congolaise pour la Conservation de la Nature, ICCN) i Fundacja Wirunga wprowadziły wspólnie nową strukturę zarządzania. W roku 2009 otwarto ośrodek Senkwekwe, zajmujący się zwierzętami osieroconymi w masakrze z 2007 roku.
W roku 2011 Kongijski Instytut ds. Ochrony Przyrody i Fundację Wirunga wprowadziły program na rzecz pokoju z zamiarem utworzenia 100 tys. miejsc pracy. W 2012 roku na terenie parku i w jego sąsiedztwie wybuchła rebelia Ruchu 23 Marca i ruch turystyczny został wystrzymany.