W 2004 roku Arango zwrócił na siebie uwagę trenera RCD Mallorca Benito Floro i sprowadził on do zespołu wenezuelskiego zawodnika. W Primera División zadebiutował on 29 sierpnia w przegranym 0:1 domowym spotkaniu z Realem Madryt. Już w 2. kolejce, w meczu z Getafe CF zdobył swojego pierwszego gola na hiszpańskich boiskach, a w całym sezonie strzelił 6 goli. Jeszcze bardziej udany dla Juana był sezon 2005/2006, gdy aż 11-krotnie trafiał do siatki rywali, zdobywając m.in. hat-tricka w meczu z Realem Sociedad. Natomiast w sezonie 2006/2007 także pomógł Majorce w utrzymaniu dzięki 9 ligowym golom.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1996/97 Nueva Cádiz FC
Segunda División Venezolana ? ? 1997/98 Nueva Cádiz FC
Segunda División Venezolana ? ? 1998/99 Nueva Cádiz FC
Primera División Venezolana ? ? 1999/00 Zulianos FC
Primera División Venezolana 12 0 1999/00 Caracas FC
Primera División Venezolana ? ? 2000/01 CF Monterrey
Primera División 32 5 2001/02 CF Monterrey
Primera División 13 1 2001/02 CF Pachuca
Primera División 14 5 2002/03 CF Pachuca
Primera División 37 11 2003/04 CF Puebla
Primera División 36 8 2004/05 RCD Mallorca
Primera División 34 6 2005/06 RCD Mallorca
Primera División 37 11 2006/07 RCD Mallorca
Primera División 37 9 2007/08