W 1992 Zbór Stołeczny skupiał ponad 300 członków. W okresie tym prowadzone były trzy lub cztery chrzty rocznie, które każdorazowo przyjmowało po kilkanaście osób. Poza nabożeństwem niedzielnym prowadzone były również tygodniowe nabożeństwa modlitewne oraz młodzieżowe, a raz w miesiącu miały miejsce spotkania dla kobiet. Działały trzy oddziały szkółki niedzielnej oraz grupy domowe. Prowadzona była działalność misyjna na ulicach miasta, polegająca na wykonywaniu pieśni oraz dzieleniu się świadectwem o Jezusie, jak również organizowano ewangelizacje w zakładach karnych oraz planowano rozwój pracy duszpasterskiej skierowanych do osób z problemem alkoholowym. W siedzibie zboru odbywały się ogólnokrajowe konferencje, posiedzenia Synodu, jak również inne spotkania prowadzone przez różne agendy Kościoła Zielonoświątkowego w RP oraz należące do niego misje i duszpasterstwa.

21 października 2001 dokonano wprowadzenia w urząd nowego pastora zboru, prezbitera Arkadiusza Kuczyńskiego, który wcześniej pełnił stanowisko drugiego pastora oraz lidera młodzieżowego.