jej faktycznym poprzednikiem był Uniwersytet Latający Znaku, działający w roku akademickim 2002/2003. Znak przeznaczył na uruchomienie instytucji 4 mln zł.
W 2005 głównym udziałowcem uczelni stała się Wyższa Szkoła Informatyki i Zarządzania w Rzeszowie (WSIiZ), która wraz ze Znakiem, Instytutem Tertio Millennio o. Macieja Zięby i Polską Konfederacją Pracodawców Prywatnych „Lewiatan” powołała Europejskie Centrum Certyfikacji jako nowy organ kontrolujący uczelnię.
W latach 2018–2021 rektorem uczelni była Anna Siewierska-Chmaj, wykładowczyni związana z WSIiZ. Po niej przez rok funkcję sprawowała Małgorzata Mitoraj-Jaroszek.
31 sierpnia 2022 Uniwersytet SWPS przejął kontrolę nad Europejskim Centrum Certyfikacji. Prezesem zarządu ECC został rektor USWPS Roman Cieślak, wiceprezesami – dyrektor generalna USWPS Ewa Ger i założyciel USWPS Piotr Voelkel.. We wrześniu 2022 powołana została filia Uniwersytetu SWPS im. ks. Józefa Tischnera, co zapoczątkowało proces integracji WSE z Uniwersytetem SWPS, zakończony 30 września 2024. 1 października 2022 urząd rektora objął Edward Nęcka.