Po powrocie do kraju Konarski sprzeciwił się Uchańskiemu, który był już wówczas prymasem w sprawie zwołania synodu narodowego i udzielenia rozwodu królowi. W 1565 podczas obrad Sejmu protestował przeciwko wprowadzaniu podatków dla chłopów na cele obronne, proponując w zamian przeznaczenie na ten cel dochodów z ceł. W latach 1566–1567 biskup opuścił kraj i udał się do Padwy. Po powrocie do Polski, na Sejmie w 1569 roku starał się o wcielenie województwa kijowskiego do Korony oraz zastąpienie pospolitego ruszenia obroną potoczną. Był sygnatariuszem aktu unii lubelskiej 1569 rokuVolumina Legum, t. II, Petersburg 1859. s. 87.. W latach 1570–1571 król wysłał go dwukrotnie jako mediatora do Maksymiliana II Habsburga w sprawie jego traktatu z Janem II Zygmuntem Zápolyą. Po raz trzeci udał się w 1571 roku do cesarza Maksymiliana II jako ambasadorRocznik Służby Zagranicznej Rzeczypospolitej Polskiej według stanu na 1 kwietnia 1938, Warszawa 1938, s. 42. w sprawie zakazu uczestnictwa poddanych cesarza w żegludze narewskiej poddanych Habsburga.