W pierwszej walce po powrocie zmierzył się w rewanżu z Filipoviciem − ponownie przegrał, tym razem przez jednogłośną decyzję.

Pierwsze zwycięstwo w PRIDE FC zanotował w lutym 2006 roku, gdy podczas PRIDE 31 wygrał przez duszenie zza pleców z Kazuhiro Nakamurą. Następnie wystartował w turniej PRIDE Openweight Grand Prix. W pierwszej rundzie i ćwierćfinale pokonał przez poddanie odpowiednio Aleksandra Jemieljanienkę i Marka Hunta. Półfinały i finał zostały rozegrane jednego dnia − 10 września 2006 roku w Saitama Super Arena. Barnett awansował do finału po wyrównanym pojedynku z byłym mistrzem PRIDE w wadze ciężkiej, Antônio Rodrigo Nogueirą, którego pokonał przez niejednogłośną decyzję sędziów. W walce o mistrzostwo GP zmierzył się po raz trzeci z Filipoviciem. Chorwat dominował od samego początku, dwukrotnie posyłając Amerykanina na deski po kopnięciu w głowę i ciosie podbródkowym. W końcu po 5 minutach i 32 sekundach boju zmusił Barnetta do poddania się na skutek ciosów pięściami w parterze.

W 2006 roku Barnett stoczył w PRIDE jeszcze dwie walki − wygraną przed czasem z Pawłem Nastulą i przegrany przez decyzję rewanż z Nogueirą.