Odkrył także endotoksynę – niebezpieczną dla człowieka toksynę występującą w ściankach komórek bakterii Gram-ujemnych.

W 1897 Pfeiffer dołączył do niemieckiej ekspedycji pod przywództwem Roberta Kocha do Indii w celu zbadania dżumy. W następnym roku pojechał z Kochem do Włoch, aby przeprowadzić badania nad malarią. Następnie przeniósł się do Królewca, by w 1899 objąć katedrę higieny, zastępując Erwina von Esmarcha (1855–1915). Pozostał w tym mieście do 1909, kiedy to przeniósł się na tę samą katedrę we Wrocławiu. W roku akademickim 1919/1920 został wybrany rektorem uczelni. Przeszedł tam na emeryturę w 1925. W 1927 został przyjęty do Niemieckiej Akademii Przyrodników Leopoldina.

Prowadził także badania nad szczepionką przeciwko durowi brzusznemu i cholerze. Zajmował się obserwacją cyklu życiowego ziarenkowców. W 1894 odkrył, że po podaniu wcześniej zaszczepionym świnkom morskim żywych szczepów przecinkowców cholery, nie dochodzi do rozwoju tej choroby, a bakterie ulegają rozkładowi. Zjawisko to uczony nazwał bakteriolizą, która nazywana jest także „fenomenem Pfeiffera” lub „fenomenem Isajewa-Pfeiffera”. Na naukowych dokonaniach Richarda Pfeiffera opiera się dzisiejsza serodiagnostyka. Bakteriolog ten był współautorem Mikrofotograficznego atlasu bakterii oraz Podręcznika mikrobiologii.