W kampanii wrześniowej 1939 miał dowodzić 45 Dywizją Piechoty Rezerwowej, lecz nie zdołał jej zmobilizować. Od 12 do 17 września był komendantem punktu zbornego w Brzeżanach. Od września 1939 do lutego 1941 internowany w Rumunii w obozie w Băile HerculanePiotr Stawecki, Generałowie polscy w wojnie obronnej 1939 roku i ich dalsze losy wojenne : cz. 2, [w:] Przegląd Historyczno-Wojskowy 15 (66)/3 (249) s. 93– 94., potem do kwietnia 1945 w niewoli niemieckiej w Oflagach Dorsten i VI B Dössel. Po uwolnieniu osiadł w Anglii. Jego syn, Jan Krok-Paszkowski wziął udział w powstaniu warszawskim, a po wojnie był szefem Polskiej Sekcji BBC i pracownikiem Rozgłośni Polskiej Radia Wolna Europa. mały|Symboliczny grób gen. Henryka Krok-Paszkowskiego na Cmentarzu w Skolimowie Zmarł w szpitalu Joyce Green w Dartford w 1969.
Był żonaty i miał pięcioro dzieci: Marię Krystynę (ur. 3 stycznia 1917), Józefa (ur. 10 września 1919), Jadwigę (ur. 28 lipca 1921), Barbarę (ur. 12 marca 1923) oraz Jana (ur.