W sezonie 2006/2007 Sagna wystąpił w 38 ligowych spotkaniach, a klub zajął 8. miejsce w tabeli. Auxerre nie zdołało wyjść z grupy A Pucharu UEFA, zajmując w niej 3. miejsce; Sagna zagrał we wszystkich ośmiu spotkaniach. Pod koniec sezonu Francuza wybrano do najlepszej jedenastki sezonu Ligue 1 jako prawego obrońcę, został też najlepszym piłkarzem swojego zespołu. W czasie gry w Auxerre nosił koszulkę z numerem 29. Przez trzy sezony gry w tym zespole wystąpił w 87 spotkaniach Ligue 1.
Arsenal Sezon 2007/08 "To jest rzecz nieprawdopodobna. Jeśli ktoś powiedziałby mi, że pewnego dnia będę zawodnikiem Arsenalu, to nie uwierzyłbym mu. To wielkie szczęście dla mojej rodziny i przyjaciół. Nie mogę doczekać się gry na Emirates Stadium oraz zdobywania pucharów dla klubu i kibiców."—Bacary Sagna, wypowiedź po podpisaniu transferze do Arsenalu.