Sezon 2008/09 "Kocham Arsenal, jest to znakomity klub. Nasz trener jest świetnym fachowcem, w przyszłym sezonie powalczymy o wszystkie trofea."—Bacary Sagna, wypowiedź po podpisaniu nowego kontraktu z klubem. 150px|thumb|Sagna przygotowujący się do wyrzutu piłki z autu w meczu z Manchesterem United, listopad 2008 4 czerwca 2008 roku Sagna przedłużył kontrakt z Arsenalem o kolejne dwa lata, wiążący go z drużyną do 2014 roku.
Na początku sierpnia odbył się podobnie jak przed rokiem Amsterdam Tournament, w którym po raz drugi z rzędu triumfował Arsenal.
16 października w reprezentacyjnym meczu Sagna doznał kontuzji kolana, która wykluczyła go z gry na dwa następne spotkania. Wraz z nim w tym czasie kontuzji doznali także William Gallas i Nicklas Bendtner.
Do drużyny Sagna powrócił 26 października, kiedy w wygranym 2:0 meczu z West Ham United zmienił w 90. minucie Robina van Persiego. 15 listopada Sagna doznał kontuzji kostki, która miała go wykluczyć z gry na "kilka tygodni". Do gry powrócił dwa tygodnie później, kiedy to zagrał w ligowym meczu z Chelsea. Sezon 2008/09 zakończył z 35 ligowymi występami, pięcioma w pucharach krajowych i dziewięcioma w pucharach europejskich.
W czerwcu 2009 roku francuska prasa spekulowała, jakoby Sagną zainteresowany był Real Madryt.