Barokowe wnętrze świątyni zostało celowo zdemolowane i doszczętnie zniszczone.

Po upadku ZSRR karmelici bosi powrócili do Berdyczowa w 1991. W 1994 udało im się odzyskać świątynię w stanie ruiny, pozbawioną wszelkiego wyposażenia. Wewnątrz górnego kościoła rosły drzewa, a w dolnej części zlokalizowana była sala sportowa. Karmelici niezwłocznie przystąpili do odbudowy świątyni. thumb|left|Panorama klasztoru karmelitów W 2008 po wielu usilnych staraniach udało się również odzyskać część zabudowań klasztornych, w których planowo do 2011 ma się znaleźć muzeum Josepha Conrada (urodzonego w Berdyczowie). O utworzenie tego muzeum przez wiele lat starało się Polskie Towarzystwo Conradowskie, kierowane przez profesora Zdzisława Najdera.

W ostatnich latach zarówno kościół, jak i klasztor zostały objęte projektem rewaloryzacyjnym, realizowanym w ramach Programu Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego „Dziedzictwo Kulturowe”, finansowanym ze środków ministerialnych, które pochodzą bezpośrednio z budżetu Państwa Polskiego. 9 czerwca 2012 dokonano uroczystego oddania do użytku górnej części kościoła i ponownego poświęcenia świątyni, oraz przekazania z tej okazji darów od papieża w postaci naczyń liturgicznych. Potwierdzono również, że wkrótce dojdzie do otwarcia muzeum Josepha Conrada.