W styczniu 2004 roku Méndez przeszedł do innego zespołu z Meksyku, Deportivo Toluca. W Toluce także był jednym z czołowych zawodników. Największy i jedyny sukces z tym klubem osiągnął w 2005 roku, gdy sięgnął z nim po mistrzostwo fazy Apertura. Zimą 2006 Méndez znów zmienił barwy klubowe i trafił do drużyny C.F. Monterrey. W zespole tym grał mało ze względu na występy w reprezentacji, a latem 2006 przeszedł na zasadzie wypożyczenia do innego klubu z miasta Monterrey, Tigres UANL. Tam także występował tylko przez pół roku i w styczniowym oknie transferowym 2007 trafił do argentyńskiego Club Atlético Vélez Sársfield, do którego ściągnął go były selekcjoner kadry narodowej, Ricardo Lavolpe. W tamtejszej Primera División Meksykanin rozegrał 29 spotkań, nie strzelając gola. Wziął także udział w Copa Libertadores, gdzie doszedł z Vélezem do 1/8 finału.