Po odzyskaniu niepodległości w 1920 r. kościół został przejęty — jako własność państwowa — na potrzeby Wojska Polskiego jako kościół rzymskokatolicki. W roku następnym odbyła się uroczysta konsekracja p. w. św. Stanisława Biskupa. Od 1926 r. mogła zeń korzystać także ludność cywilna. Około 1930 r. wnętrze uzyskało nowy wystrój malarski o motywach kaszubskich, autorstwa Wacława Szczeblewskiego i jego uczniów z Pomorskiej Szkoły Sztuk Pięknych oraz rzeźbiony ołtarz wykonany przez Ignacego ZelkaKościół Garnizonowy w Grudziądzu. Przez cały okres międzywojenny obowiązki kapelana garnizonowego sprawował zasłużony dla kultury Grudziądza i Pomorza ks. dr Władysław Łęga.
Podczas kampanii wrześniowej w 1939 r. kościół został poważnie uszkodzony i jeszcze podczas okupacji rozpoczęto prace rozbiórkowe. Po wojnie teren zniwelowano, i zabudowano domami jednorodzinnymi.
Parafia wojskowa pw. św. Stanisława Kostki działa przy kościele pojezuickim św. Franciszka Ksawerego, natomiast wezwanie św. Stanisława Biskupa nosi parafia na osiedlu Rządz, gdzie też znajduje się figura św. Teresy pochodząca z omawianego kościoła. Wykonane w 1840 r. naczynia komunijne przeniesiono do kościoła św. Ducha.