Współpraca z uczelniami katolickimi Od początku funkcjonowania, Seminarium, chcąc dać alumnom wykształcenie akademickie, na poziomie studiów magisterskich, współpracowało z Akademią Teologii Katolickiej w Warszawie, która trwała do 1999. W 1999 w nowo powstałym Uniwersytecie Warmińsko-Mazurskim w Olsztynie utworzono Wydział Teologii. W 2000 Biskup elbląski podpisał umowę o współpracy z władzami uniwersytetu. W ten sposób elbląscy alumni, z początkiem roku akademickiego 2000/2001, stali się studentami UWM-u, studiującymi na tamtejszym Wydziale Teologii.
Wizyta papieża Jana Pawła II w Elblągu W 1999 alumni elbląskiego Seminarium przygotowywali liturgię z okazji przyjazdu do Elbląga papieża Jana Pawła II. Miało to miejsce w sobotę 6 czerwca 1999, w ramach VII pielgrzymki Ojca Świętego do ojczyzny.
Rektorzy seminarium ks. kan. dr Stefan Ewertowski (5 czerwca 1993 – 30 czerwca 2004) ks. kan. dr Grzegorz Puchalski (1 lipca 2004 – 30 czerwca 2016) ks. kan. dr Sławomir Małkowski (1 lipca 2016 – 30 czerwca 2020) ks. kan. dr hab.