Po głębokim kryzysie, jaki przechodził później zespół, w 2002 roku ponownie dostał się on do finału pucharu kraju, zwyciężając nad jedenastką Sportingu Braga 3-1. Pomimo przegranej 0-1 z późniejszym mistrzem Portugalii Sportingiem Lizbona, drugoligowa drużyna zakwalifikowała się do europejskich pucharów. Leixões odpadł w pierwszej rundzie Pucharu UEFA po występie w Salonikach, gdzie przegrał w zaciętym spotkaniu z miejscowym PAOK-iem 3-5 (pierwszy mecz zakończył się zwycięstwem Portugalczyków 2-1). W tym samym roku klub zdegradowany został do miejscowego odpowiednika trzeciej ligi, by powrócić do Liga de Honra po jednym sezonie. Dwa lata później w pechowy sposób uniknął awansu do Primeira Liga, pozostając pomimo zajęcia 3. miejsca na zapleczu najwyższej klasy rozgrywkowej w związku z jej reorganizacją. W 2007 roku zespół powrócił ostatecznie do I ligi po osiemnastu latach przerwy. Obecnie gra na drugim poziomie ligowym w LigaPro.
Sukcesy I liga portugalska: 5. miejsce - 1962/63 Puchar Portugalii: zwycięzca - 1960/61, finalista - 2001/02 II liga portugalska: mistrz - 2006/07 III liga portugalska: mistrz (grupa północna) - 2002/03 Puchar UEFA: 1.