Najdłużej, bo 18 lat (1884-1902), przeprowadzał reformę zakonu bazylianów w Dobromilu, we Lwowie i w Ławrowie. Skierowany przez przełożonych do tego dzieła, zleconego przez Stolicę Świętą, oddał mu się z całym poświęceniem. Włączył się duchowo w życie tego zakonu, a nawet myślał o przejściu na wschodni obrządek. Taktem, życzliwością i osobistą świętością zaskarbił sobie miłość i wdzięczność bazylianów, a także księży i ludu ruskiego. Owocem tej pracy było podniesienie duchowe i intelektualne tamtejszych synów św. Bazylego.
thumb|left|240px|Tablica epitafijna Wojciecha Baudissa w Starej Wsi Po odwołaniu go z Dobromila pracował w Chyrowie jako nauczyciel języka ukraińskiego (w czasie I wojny światowej opiekował się tam rannymi żołnierzami), w Jassach w Rumunii jako rektor seminarium duchownego. Przez ostatnie 11 lat życia był duchownym ss. służebniczek i profesorem kleryków zakonnych w Starej Wsi. Zmarł 25 kwietnia 1926 w Starej Wsi. Został pochowany na tamtejszym cmentarzu w kaplicy grobowej jezuitów, na ścianie której ustanowiono tablicę epitafijną jemu poświęconą.