Drugim opatem klasztoru został Ryōnen Myōzen. Od 1217 do 1223 roku jego uczniem w Kennin-ji był Eihei Dōgen, co opisał w swojej pracy Shōbōgenzō w rozdziale "Bendōwa"Heinrich Dumoulin. Zen Buddhism: A History. Japan. Str. 21. W tym czasie klasztor ten nie cieszył się żadnym prestiżem jako klasztor zen i oficjalnie należał do szkoły tendaiWilliam M. Bodiford. Sōtō Zen in Medieval Japan. Str. 23.
Dziesiątym opatem klasztoru został Enni Ben’en, który starał się ożywić w nim praktykę po śmierci Myōzena. Enni odbudował także i znacznie powiększył budynek mnichów po pożarzeHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: A History. Japan. Str. 26. Po nim opatem klasztoru został chiński mistrz chan Lanxi Daolong. W ciągu trzech lat prowadzenia klasztoru (1259–1261) Lanxi doprowadził do wyrugowania z niego wszelkich obcych zenowi praktyk i zamienił Kennin-ji w czysty klasztor zen. Odtąd mnisi żyli w strachu przed atakami ze strony mnichów z innych szkół Heinrich Dumoulin. Zen Buddhism: A History. Japan. Str. 33 i 57.
W klasztorze tym praktykował zen Musō Soseki pod kierunkiem ucznia Lanxi Daolonga – Muina Embana (1230–1307).