Pierwsza pisemna wzmianka o miejscowości pochodzi z roku 1268. W dokumencie Beli IV, zwanym "Wielką Kartą" (węg. Nagy diploma), pojawia się ona pod nazwą Villa Meger, co świadczy o tym, że w tym czasie była to już znacząca osada. Jako jej właściciel jest w dokumencie wymieniony comes Parabuch, który część swoich włości przekazał synowi imieniem Izsop – stąd nazwa wsi Ižop, która obecnie jest dzielnicą miasta.
W latach I wojny światowej w mieście funkcjonował obóz jeniecki, w którym przetrzymywano żołnierzy serbskich. Kilka tysięcy z nich zmarło tu na skutek epidemii tyfusuSwajdo Jarosław: Kąpieliska termalne Węgier i Słowacji, Wydawnictwo Bezdroża, Kraków 2003, . W latach międzywojennych Veľký Meder był miejscem szeregu demonstracji i strajków źle opłacanych robotników rolnych. Po II wojnie światowej miasto, leżące w najbardziej żyznym regionie Wyspy Żytniej, stało się znaczącym ośrodkiem przetwórstwa spożywczego, w tym mleczarstwa. W latach 60. i 70. rozwinął się również przemysł elektromaszynowy i elektroniczny (m.in. zakłady "Elektrosvit" oraz "Tesla")Adamec Vladimír, Jedličková Nora: Slovensko. Turistický lexikon, wyd.