Z drugiej strony ostrożność US Navy prowadziła do konstrukcji reaktorów znacznie bezpieczniejszych niż radzieckie, ostrzejszych procedur bezpieczeństwa i lepszego wyszkolenia załóg.
Bezpośrednim efektem katastrofy "Threshera" było podjęcie zakrojonego na szeroką skalę programu poprawy bezpieczeństwa okrętów podwodnych. Jak bowiem wynikało z przeprowadzonych po wypadku analiz, konstrukcja jednostek typu Thresher nie była wadliwa, wymagała jednak pewnych zmian w celu wykluczenia podobnych przypadków w przyszłości. Uruchomiony w tym celu specjalny program SUBSAFE (bezpieczny okręt podwodny) opóźnił dostawy nowych uderzeniowych okrętów podwodnych o wiele lat, jednakże umożliwił wprowadzenie do okrętów wielu istotnych zmian poprawiających bezpieczeństwo pływania, w tym używania jednostek w sytuacjach awaryjnych.
W momencie katastrofy "Threshera", trwał już program daleko idącej modyfikacji projektu jednostek typu Thresher, zmierzającej do pozbawienia konstrukcji pewnych słabości. Formalna decyzja o podjęciu prac podjęta została w grudniu 1961 roku, jednakże zastosowane m.in. na "Thresherze" efekty tych modyfikacji nie polepszyły zasadniczo okrętu - projektanci bowiem, zbyt wiele poświęcili dla ograniczenia oporów wody, kosztem utrudnień w innych sferach.