Po I wojnie światowej Śląsk Cieszyński, w tym także Zebrzydowice, stały się obszarem spornym pomiędzy Polską a Czechosłowacją. We wsi miały miejsce walki w czasie starć z wojskami czechosłowackimi w 1919 roku. Polskie ofiary tych walk spoczęły na parafialnym cmentarzu tuż przy kościele. Ostatecznie miejscowość w lipcu 1920 roku znalazła się w granicach Rzeczypospolitej. Od tego czasu, stacja kolejowa w Zebrzydowicach jest graniczną stacją, ważną w transporcie towarowym. Osada rozwijała się dzięki położeniu przy granicy, węźle kolejowym i dogodnym połączeniom kolejowym. Już w latach 20. XX w. Zebrzydowice posiadały połączenie autobusowe z Cieszynem, który wówczas nie miał odpowiednich połączeń kolejowych. Obie miejscowości połączyła linia kolejowa dopiero w 1934 roku.
W okresie międzywojennym w miejscowości stacjonowała placówka Straży Granicznej I linii „Zebrzydowice”.
W latach 1942–1944 w pobliżu stacji kolejowej istniała filia obozu koncentracyjnego Auschwitz, jedna z 3 na Śląsku Cieszyńskim. Więzieni na niej Żydzi pracowali na terenach kolejowych, o czym do dziś przypomina pomnik koło dworca. W 1945 roku, w wyniku działań wojennych, zniszczeniom zostały poddane: zamek, dworzec kolejowy, budynek straży pożarnej, kościół i szkoły.