Na skutek zarazy z 1564 doszło do zmniejszenia się liczby ludności miasta, w związku z czym zostali do niego sprowadzeni nowi osadnicy pochodzący z terenów Niemiec, będący w większości protestantami. Odtąd ewangelicy zaczęli stanowić tu większość wyznaniową. W 1568 do obsługi polskojęzycznych wiernych zatrudniono osobnego diakona, Jan Słupcę. Rok później został wydany edykt króla Zygmunta II Augusta gwarantujący wolność religijną, na skutek czego luteranie poza współdzieloną z katolikami farą pozyskali również kościół św. Ducha oraz kaplicę św. Jerzego, położoną poza obrębem miejskich murów, na skutek czego posiadali wszystkie świątynie na terenie miasta.
Sytuacja protestantów zmieniła się po objęciu władzy przez Zygmunta III Wazę, kiedy to na mocy jego dekretu w 1598 zostali zmuszeni do przekazania kościołów katolikom, a luterańską pozostała jedynie kaplica św. Jerzego. Pełniła ona jednak przede wszystkim funkcję świątyni cmentarnej i ze względu niemożność pomieszczenia licznych wiernych, ewangelickie posługi kościelne zostały przeniesione do kaplicy na zamku w Grudziądzu, którą do użytku parafii przekazał starosta Jan Zborowski. Po śmierci starosty w 1603 nabożeństwa rozpoczęto prowadzić w Lwim Spichrzu.