Ustawa ta została jednak odwołana już w 1648 dzięki postanowieniu króla Jana II Kazimierza.
W efekcie pożaru ratusza 1659 protestanci zostali pozbawieni własnej świątyni, jednak już w następnym roku doszło do otwarcia nowej sali modlitwy, która otrzymała kosztowne wyposażenie, będące darami wiernych parafii.Jeszcze w tym samym roku przez króla Jana Kazimierza odnowione zostało prawo wolności wyznania dla luteran. Nadal trwały jednak prześladowania ze strony katolików. W latach 1661 i 1682 oskarżali oni ewangelickich księży o bluźnierstwo, a używanie przez nich języka polskiego podczas nabożeństw było uważane przez stronę katolicką za niebezpieczny instrument oddziaływania na szersze warstwy społeczne (kazania polsko i niemieckojęzyczne były za to prowadzone w farze katolickiej). Król jednak nie zgadzał się z tymi zarzutami. Pomimo tego, w 1720 ewangelicy zostali zmuszeni do przekazania katolikom części organ z domu modlitwy, ponieważ twierdzili oni, że przeszkadzają w prowadzeniu mszy w ich kościele.
W 1661 został założony cmentarz ewangelicki położony przy obecnej alei 23 Stycznia, osiągając w późniejszych latach powierzchnię 2000 m².