Warte uwagi jest ponadto występowanie na tym terenie (w masywie Radziejowej – na jedynym stanowisku w Polsce) endemicznego pierwiosnka omączonego wpisanego do Polskiej Czerwonej Księgi Roślin jako gatunek krytycznie zagrożony.
Fauna W rozległych, zwartych lasach żyje wiele gatunków ssaków leśnych, jak np.: wilki, rysie, jelenie, sporadycznie żbiki i niedźwiedzie. Z mniejszych drapieżników spotkamy tu lisa, tchórza, kuny (leśną i domową) oraz łasicę. W dolinach Dunajca i Popradu występuje lokalnie bóbr, pojawia się również wydra.
Na terenie Parku spotykanych jest ok. 160 gatunków ptaków. Do najrzadszych należą głuszec, jarząbek, orzeł przedni, orlik krzykliwy, płochacz halny, drozd obrożny, puchacz i puszczyk uralski. Gniazduje tu, widywany czasem w płytkich wodach Popradu bocian czarny, a także największy z naszych dzięciołów – dzięcioł czarny.
Z gadów spotkamy tu jaszczurki: żyworodną, zwinkę i beznogiego padalca. Węże reprezentują zaskroniec i żmija zygzakowata, a do rzadko spotykanych osobliwości należy wąż Eskulapa. Z płazów bezogonowych, obok szeregu gatunków żab i ropuch występuje tu kumak górski, zaś płazy ogoniaste reprezentują wszystkie cztery gatunki krajowych traszek (zwyczajna, grzebieniasta, górska i karpacka) oraz salamandra plamista.