Był to jednak jeden z nielicznych sukcesów Hiszpanów podczas całej rebelii.
W tym samym czasie Popé realizował plan usuwania hiszpańskich śladów z pozostałych terenów. Zabroniono m.in. używania hiszpańskich nazw i języka, a ochrzczonych Indian "oczyszczano" wywarem z jukki. Niszczono też katolickie kaplice i przedmioty kultu, a sam Popé, ubrany odświętnie, wizytował kolejne puebla, witany w nich entuzjastycznie.
Rebelia Pueblo zakończyła się pełnym sukcesem, a około 2400 Hiszpanów musiało opuścić niemal cały Nowy Meksyk. Popé miał jednak skłonności do despotyzmu, a gdy kraj Pueblo nawiedziły susze oraz ataki Apaczów i Ute, został zmuszony do ustąpienia na rzecz Luisa Tupatu z osiedla Picuris. W 1688 r. odzyskał na pewien czas wpływy (przynajmniej w niektórych pueblach), lecz krótko potem zmarł.
W 1692 r., po śmierci Popé'a, Hiszpanie pod wodzą Diego de Vargasa odzyskali stopniowo kontrolę nad ludem Pueblo, ale tym razem na łagodniejszych warunkach. Przez dłuższy czas nie podejmowali np. prób wykorzenienia ich języka i religii, dzięki czemu przetrwały one do dziś.