Daniel spędził swe młode lata na zachodnim skraju pogranicza Pensylwanii. W pobliżu znajdowały się liczne wioski Indian. Pacyfistycznie nastawieni kwakrzy mieli z reguły dobre stosunki z Indianami. Boone dostał swą pierwszą strzelbę w roku 1747, a sztuki strzeleckiej uczył się od białych i czerwonoskórych. Według jednej z opowieści młody Boone polował w lesie z innymi chłopcami. Nagłe miauknięcie pumy przeraziło chłopców, ale nie Boone’a, który spokojnie załadował swój dziecięcy sztucer, po czym trafił zwierzę w serce w chwili, gdy rzuciło się wprost na niego. Jak wiele innych opowieści o Boone’ie, historyjka może być zmyślona, ale nie powinna być lekceważonaFaragher, s. 9..
Gdy Boone był dzieckiem, jego rodzina stała się przedmiotem kwakerskich kontrowersji. W 1742 rodzice Boone’a musieli publicznie przepraszać za to, że ich najstarsza córka wyszła za Johna Wilcoxsona, nie-kwakra, będąc na dodatek w ciąży. Kiedy najstarszy brat Boone’a również poślubił nie-kwakerkę w roku 1747, Squire Boone stanął po stronie syna i w konsekwencji został usunięty ze społeczności kwakerskiej, aczkolwiek jego małżonka nadal brała udział w comiesięcznych zebraniach społeczności. Przypuszczalnie na skutek tego sporu Squire w roku 1750 sprzedał ziemię i przeniósł się z rodziną do Karoliny Północnej.