W maju 1769 Boone rozpoczął dwuletnią wyprawę łowiecką do Kentucky. 22 grudnia został, wraz z drugim myśliwym, schwytany przez grupę Szaunisów, którzy skonfiskowali wszystkie zebrane przez nich skóry, kazali wynosić się i nigdy nie wracać. Szaunisi nie podpisywali traktatu w Stanwix, a uważając Kentucky za swoje tereny łowne, traktowali białych myśliwych jak kłusowników. Boone, jednakże, został w Kentucky polując i badając kraj aż do roku 1771, kiedy powrócił do Karoliny Północnej, po czym udał się tam ponownie w roku 1772.
25 września 1773 roku Boone zebrał swoją rodzinę i – na czele około 50 emigrantów – podjął pierwszą próbę założenia stałej brytyjskiej osady w Kentucky. Był w tym czasie przede wszystkim traperem i myśliwym; najbardziej znanym członkiem jego ekspedycji był William Russell, Wirgińczyk, przyszły szwagier Patricka Henry’ego.