W ostatnich latach przynależność A. mongoliensis do Mesonychia lub do Triisodontidae/Triisodontinae została zakwestionowana przez szereg analiz kladystycznych. Według analizy Geislera (2001) Andrewsarchus nie należał do Mesonychia ani do Triisodontinae, lecz był taksonem siostrzanym do parzystokopytnych, razem z którymi tworzy klad siostrzany do kladu obejmującego Hapalodectidae, Mesonychidae i walenie. Według analizy O'Leary i Gatesy'ego (2008) Mesonychia, Triisodontinae i Andrewsarchus należały do Cetartiodactyla. Jednak Mesonychia i Triisodontinae były bliżej spokrewnione z waleniami niż z A. mongoliensis, który z kolei był blisko spokrewniony z rodzinami Entelodontidae i Hippopotamidae, a także z większością rodzajów tradycyjnie zaliczanych do rodziny Anthracotheriidae (z wyjątkiem rodzaju Libycosaurus) oraz rodzajami Achaenodon i Indohyus. Także według analizy Spaulding, O'Leary i Gatesy'ego (2009) Andrewsarchus nie należał do Mesonychia ani do Triisodontinae;