Od 1951 do 1955 była profesorem w Wyższej Szkole Rolniczej we Wrocławiu, gdzie wykładała botanikę. Następnie w latach 1955–1960 pracowała jako profesor zwyczajny Instytutu Botaniki PAN, a od 1956 kierowała Pracownią Systematyki Śluzowców Instytutu.
Zmarła 28 maja 1966 r. we Wrocławiu. Została pochowana 31 maja 1966 r. na cmentarzu św. WawrzyńcaPlansza wystawy „Kobiety w nauce” - Skromność i mikroskop. Helena Krzemieniewska (klepsydra) Archiwum PAN w Warszawie [dostęp 2022-01-12].. mały|Grób prof. Heleny Krzemieniewskiej na cmentarzu św. Wawrzyńca we Wrocławiu Miała córkę Zofię Jadwigę po mężu Josztową (ur. 4 czerwca 1900 w Krakowie)Joszt Zofia Arolsen Archives. International Center on Nazi Persecution [dostęp 2022-01-12]., inżyniera chemika.
Działalność naukowa Zainteresowania przyrodnicze rozwijała na kursach naukowych, a następnie na Uniwersytecie Jagiellońskim, gdzie poznawała fizjologię roślin pod okiem prof. Emila Godlewskiego. Na początku XX wieku prowadziła wraz z mężem pionierskie badania z zakresu mikrobiologii gleby w Polsce, tworząc podwaliny tej dziedziny w kraju. Podczas wspólnych badań we Lwowie nad morfologią i fizjologią bakterii śluzowych i śluzowców Krzemieniewscy opracowali metodę wyodrębniania tych organizmów i odkryli wiele nowych gatunków.