Służba podczas II wojny światowej Wybuch II wojny światowej zastał „Warszawę” w Hawrze. 15 września 1939 statek został wysłany z Dunkierki w ramach małego konwoju z francuskim sprzętem wojennym dla Polski, który miał być dostarczony przez Morze Czarne i Rumunię (m.in. 4–7 myśliwców MS.406), lecz wobec rozwoju sytuacji w Polsce po 17 września 1939, konwój został rozładowany w Breście. Następnie, „Warszawa” była używana do ewakuacji polskich żołnierzy i uchodźców, przedzierających się do Francji. Przez adaptację ładowni liczbę miejsc pasażerskich zwiększono do 564. Od listopada 1939 do czerwca 1940 statek przewiózł w 10 rejsach 5418 polskich uchodźców z Grecji (Pireus) i Jugosławii (Split) do Francji (od maja 1940 – do Libanu). Po klęsce Francji, 20 czerwca 1940 statek został zaaresztowany przez władze francuskie w Bejrucie, jednakże przy cichej pomocy ze strony francuskiej marynarki wojennej, zdołał następnie uciec z portu i 22 czerwca 1940 dopłynął do Hajfy pod administracją brytyjską. Statkiem dowodzili w tym czasie: kpt. Jan Ćwikliński i – od stycznia 1940 roku – kpt. Tadeusz Meissner.
Od sierpnia do listopada 1940 statek w dalszym ciągu przewoził polskich uchodźców z Mersin w Turcji do Palestyny, przewożąc w ciągu 7 rejsów ok. 3530 osób (łącznie statek ewakuował ok.