W 2008 został wybrany przewodniczącym ukraińskiej Konferencji Episkopatu. Pełnił tę funkcję do 2018, kiedy to objął funkcję jej wiceprzewodniczącego. Ponownie przewodniczącym został w 2020 i pełnił tę funkcję do 2023. lewo|mały|239x239px|Abp Mokrzycki z relikwiami Jana Pawła II - Grójec, 13 listopada 2014 W 2009 nakładem Wydawnictwa M ukazała się książka wywiad rzeka z abp. Mieczysławem Mokrzyckim pt. Najbardziej lubił wtorki. Opowieść o życiu codziennym Jana Pawła II autorstwa Brygidy Grysiak.
W 2017 konsekrował biskupa pomocniczego lwowskiego Edwarda Kawę. Był współkonsekratorem podczas sakry biskupa pomocniczego charkowsko-zaporoskiego Jana Sobiły (2010), biskupa pomocniczego odesko-symferopolskiego Jacka Pyla (2013), biskupa pomocniczego kamienickiego Radosława Zmitrowicza (2013) i biskupa diecezjalnego kijowsko-żytomierskiego Witalija Krywickiego (2017).