Podstawową różnicą między zaostrzonym odczynem alergicznym a anafilaksją jest stale utrzymujący się podprogowy poziom IgE. Wzrost IgE ponad ten poziom wyzwala mechanizmy anafilaktyczne. Zatem chorzy z alergiami atopowymi (np. astma oskrzelowa) znajdują się w grupie wysokiego ryzyka wystąpienia anafilaksji. reakcja anafilaktoidalna (reakcja pseudoalergiczna lub idiosynkratyczna, odczyn pseudoalergiczny lub idiosynkratyczny) to reakcja niealergiczna (niezależna od przeciwciał IgE) i, w odróżnieniu od reakcji anafilaktycznej, antygen może ją indukować już po pierwszej ekspozycji, bez wcześniejszego uczulenia. Mechanizmy efektorowe reakcji anafilaktoidalnej cechuje aktywacja dopełniacza, mastocytów i bazofilów, prowadząca do analogicznych objawów jak dla wstrząsu anafilaktycznego. Z tego względu reakcja anafilaktoidalna również (jak anafilaktyczna) poddaje się leczeniu adrenaliną i lekami przeciwhistaminowymi.