Na początku października hetman wielki koronny Mikołaj Mielecki mianował Niszczyckiego dowódcą jednego z trzech pułków jazdy koronnej przeznaczonego do obrony pogranicza Wielkiego Księstwa Litewskiego. Później dołączył jako straż tylna do wojska dowodzonego przez Janusza Zbaraskiego, wojewodę bracławskiego. Zimą na przełomie 1580 i 1581 strzegł linii Dniepru między Orszą a Mohylewem. Na przełomie czerwca i lipca 1581 odparł atak moskiewski na górne Naddniestrze. Dotem dołączył do wojsk królewskich w Zawołoczu, skąd powędrował do Worońca, gdzie mianowano go dowódcą straży przedniej. Pod nieobecność hetmana nadwornego koronnego Jana Zborowskiego dowodził nadwornym wojskiem liczącym prawie 1,5 tysiąca ludzi. Brał udział w oblężeniu i blokadzie Pskowa. Służbę wojskową zakończył wiosną 1582, po podpisaniu rozejmu w Jamie Zapolskim.