9 marca biskupi Michał (Melnyk) i Antoni (Pelwećki), wraz z innymi biskupami prawosławnymi: lwowskim Makarym i mukaczewskim Nestorem, odebrali od obecnych na soborze obietnicę „wyrzeczenia się łacińskich błędów”. Po zakończeniu soboru delegacja pod przewodnictwem ks. Kostelnyka pojechała do Moskwy. 5 kwietnia została przyjęta na audiencji u patriarchy Aleksego, a 7 kwietnia Aleksy odprawił uroczyste nabożeństwo, które koncelebrowali Kostelnyk i Pelwećki.
Po soborze rząd ZSRR uznał Kościół greckokatolicki za rozwiązany i przystąpił do jego likwidacji. Aresztowano i skazano około 50% duchownych, około 10% wyemigrowało za granicę, 20% przeszło na prawosławie, a 10% rozpoczęło działalność w podziemiu jako „Kościół katakumbowy”. Papież Pius XII zaprotestował przeciw postępowaniu Sowietów w dwóch encyklikach: Orientales Omnes (1946) i Orientales Ecclesias (1952), w których wezwał do zainteresowania się losem prześladowanych i wsparcia Kościoła greckokatolickiego.
Wkrótce później nastąpiła również oficjalna likwidacja Rusińskiej Cerkwi Greckokatolickiej na Zakarpaciu (1946–1949) i w Czechosłowacji (1950).