Od tej właśnie studni pochodzi nazwa jeziora oraz miejscowości.
Historia Sanktuarium Matki Bożej Studzieniczańskiej stoi w obrębie dawnych wysepek. Znajdowała się tam pustelnia, w której po 1715 (wedle innej wersji przed tą datą) mieszkał zapewne mnich z pobliskiego klasztoru kamedułów w Wigrach. Potem osiadł w tym miejscu inny pustelnik, były oficer polskiego wojska Wincenty Murawski (lub Morawski), który zasłynął w okolicy jako człowiek pobożny oraz jako zielarz. Woda z wykopanej przez niego studni na mniejszej z wysp ("na grądziku") pomagała podobno szczególnie w chorobach oczu. Początkowo obraz Matki Boskiej wisiał na dębie, w 1770 Murawski z ofiar zbudował tam kapliczkę. Obecna murowana kaplica, stojąca na dębowych pniach, pochodzi z 1872 r. i jest dziełem Ludwika Jeziorkowskiego, inżyniera pracującego przy budowie Kanału Augustowskiego.
W 1786 starosta Stanisław Karwowski zakupił za sto tynfów stary kościółek z Augustowa i z pomocą ludzi postawił na większej wyspie na czas budowy nowego kościoła. Zapoczątkowało to powstanie pobliskiej wsi. W 1827 w Studzienicznej znajdowały się 2 gospodarstwa zamieszkane przez 7 osób. W 1838 Studzieniczna została filią parafii Szczebra, a w 1873 już samodzielną parafią.