Pierwszy drewniany kościół został wybudowany w Lipowcu w pierwszej połowie XVIII w. Ówczesny właściciel miasta książę Dominik Zasławski pozwolił klerowi na branie dziesięciny od swoich poddanych, potrzebnej na utrzymanie parafii i kościoła.
W 1645 roku Wilga Godzimirski założył nad brzegiem Sobu klasztor dominikanów, o którym pozostała wzmianka w generalnym kapitule Walencji z 1647 roku.
Pierwsze świątynie katolickie w Lipowcu zostały spalone przez Kozaków w czasach Chmielnicczyzny.
Normalne życie wróciło na Podole i ziemię lipowiecką na początku XVIII wieku. Wtedy Lipowiec z okolicznymi wioskami należał do diecezji kijowskiej. Po zaborach w powiecie lipowieckim Guberni Kijowskiej działało tylko 18 parafii katolickich z powodu udziału miejscowych Polaków w powstaniach w latach 1831 i 1863. Po powstaniu styczniowym carska policja zniszczyła także polską szkołę w miasteczku, jako „ognisko polskości, wrogie do cara”.