John Jesus Flanagan (ur. 28 stycznia 1868 w Ballinvreena, w hrabstwie Limerick w Irlandii, zm. 3 czerwca 1938 w Kilmallock, w hrabstwie Limerick) – amerykański lekkoatleta pochodzenia irlandzkiego, specjalista rzutu młotem, trzykrotny mistrz olimpijski.
Przebieg kariery Wychował się w Irlandii. Przed emigracją do Stanów Zjednoczonych w 1896 zdobył w tym roku mistrzostwo Wielkiej Brytanii (AAA) w rzucie młotem, a w 1895 ustanowił pierwszy ze swych licznych (nieoficjalnych) rekordów świata w tej konkurencji.
Jako reprezentant USA wziął udział w igrzyskach olimpijskich w 1900 w Paryżu, gdzie zdobył złoty medal w rzucie młotem (wyprzedzając innych Amerykanów Truxtuna Hare i Josiaha McCrackena), a w rzucie dyskiem zajął 7. miejsce. Wcześniej w tym roku po raz drugi zdobył mistrzostwo Wlk. Brytanii w rzucie młotem. W 1903 rozpoczął pracę w policji nowojorskiej.