Od 2007 roku do dziś badania prowadzi zespół badaczy z Zakładu Archeologii Epoki Kamienia Instytutu Archeologii Uniwersytetu Jagiellońskiego wraz z badaczami Działu Paleolitu i Mezolitu Muzeum Archeologicznego w Krakowie oraz paleontologami z Instytutu Systematyki i Ewolucji Zwierząt PAN w Krakowie.
Podczas pobytu 4 lipca 1787 roku króla Stanisława Augusta Poniatowskiego, w komorze jaskini zorganizowano koncert. W późniejszych latach zwiedzali ją m.in. Hugo Kołłątaj, Franciszek Karpiński, Stanisław Staszic, Julian Ursyn Niemcewicz i Fryderyk Chopin.
W dwudziestoleciu międzywojennym po doprowadzeniu prądu z małej elektrowni zlokalizowanej przy Bramie Krakowskiej, prowadzono w niej badania podziemnego odbioru fal radiowych i z tego powodu – jako obiekt tajny – nie została zinwentaryzowana w 1951 roku, w pierwszym tomie Jaskiń Polski autorstwa Kazimierza Kowalskiego.
W 1924 roku jaskinia została uznana za zabytek.