Te późniejsze ozdoby zostały naznaczone kamiennymi ozdobami: mityczne zwierzęta, ludzkie twarze, a czasem ludzkie twarze z ciałami zwierząt dominują, zazwyczaj powiązane są z bogatymi motywami liści. W 1692 została spustoszona i wysadzona przez Turków osmańskich, którzy najechali Królestwo Imeretii. Wybuch spowodował zawalenie się kopuły i stropu. 6 sierpnia 1770 podczas bombardowania Kutaisi przez wojska rosyjskie, rozsypała się kopuła katedralna, zniszczone zostały okna i kolumny.
Prace związane z konserwacją i rekonstrukcją, a także badania archeologiczne, rozpoczęły się w 1952 i trwały do 2012. W 1994 katedra została, wraz z Monastyrem Gelati, wpisana na Listę światowego dziedzictwa UNESCO. W 2001 świątynia została oddana Gruzińskiemu Kościołowi Prawosławnemu. Rzadko odbywają się w niej nabożeństwa, przyciąga natomiast wielu pielgrzymów i turystów. W 2008 rozpoczęto rekonstrukcję katedry wbrew opinii UNESCO, która apelowała, aby nie naruszać historycznej autentyczności obiektu i pozostawić go w stanie niezmienionym jako ruinę. Obawiano się także, że budowa kopuły może naruszyć oryginalne fundamentyUNESCO Report on the Mission to Historical Monuments of Mtskheta and Bagrati Cathedral and Gelati Monastery, Georgia, June 2–10, 2008.