W latach 1249–1252, na skutek sprzedaży przez księcia legnicko-głogowskiego Bolesława Rogatkę, ziemia lubuska przeszła w ręce najpierw arcybiskupów magdeburskich, w końcu margrabiów brandenburskich. W 1276 roku biskup Wilhelm I z Nysy przeniósł siedzibę diecezji lubuskiej z Lubusza do Górzycy. Pod koniec XIII wieku znaczenie Lubusza zmalało, a centra dzielnicy zaczęły przenosić się do innych miejscowości: Kostrzyna nad Odrą, Frankfurtu nad Odrą i Fürstenwalde.
mały|lewo|Pałac w Wulkowie w 1904 W latach 1373–1415 wraz z Marchią Brandenburską Lubusz był we władaniu Czech. Mimo utraty obszaru przez Polskę jeszcze do 1424 diecezja lubuska podlegała metropolii gnieźnieńskiej. Na początku XV w. Lubusz przynależał administracyjnie do dekanatu rokowskiego diecezji lubuskiej, podobnie jak ówczesne wsie, a obecnie dzielnice miasta, Schönfließ i MallnowSiegmund Wilhelm Wohlbrück, Geschichte des ehemaligen Bisthums Lebus und des Landes dieses Nahmens, tom I, Berlin 1829, s. 96.. W latach 1589 i 1631 miały miejsce pożary zamku. Pozostałości zamku rozebrano w 1765. W 1701 roku miasto znalazło się w granicach Królestwa Prus, które w 1871 zostało częścią zjednoczonych Niemiec.