Drogi startowe i deszcze Port Congonhas posiada dwie stosunkowo krótkie utwardzone drogi startowe: na kierunku 17R/35L o długości 1940 m i 17L/35R o długości 1435 m, których nie można łatwo przedłużyć z uwagi na gęstą miejską zabudowę, w tym wieżowce. Jest miejscem częstych ulewnych opadów. Ze względu na te właśnie czynniki jest uznawane za jedno z najbardziej niebezpiecznych lotnisk świata.
Linie lotnicze i kierunki lotów BRA Transportes Aéreos (Belo Horizonte-Confins, Brasília, Goiânia, Kurytyba, Rio de Janeiro-Galeão) Gol Transportes Aéreos (Belo Horizonte-Confins, Brasília, Campo Grande, Caixas do Sul, Cuiabá, Florianópolis, Foz do Iguaçu, Goiânia, João Pessoa, Joinville, Londrina, Maringá, Navegantes, Porto Alegre, Recife, Ribeirão Preto, Rio de Janeiro-Santos Dumont, São José do Rio Preto, Uberlândia, Vitória) OceanAir (Cascavel, Chapecó, Fortaleza, Ipatinga, Passo Fundo, Porto Seguro, Salvador, Sorocaba, Videira) Pantanal Linhas Aéreas (Araçatuba, Bauru, Marília, Juiz de Fora, Mucuri, Presidente Prudente, Uberaba) TAM Linhas Aéreas (Aracaju, Belém, Belo Horizonte-Confins, Belo Horizonte-Pampulha, Brasília, Campinas, Campo Grande, Cuiába, Goiania, Florianopolis, Fortaleza, Foz do Iguaçu, Ilheus, João Pessoa, Joinville, Kurytyba, Londrina, Maceió, Manaus, Marabá, Maringá, Natal, Navegantes, Porto Alegre, Porto