Odległość dowództwa batalionu od dowództwa brygady wynosiła 25 kilometrów.
Aby zapewnić odpowiednią liczbę żołnierzy ze specjalnością saperską, 1 kwietnia 1928, przy 21 batalionie granicznym w Wilnie utworzono brygadowy ośrodek wyszkolenia pionierów.
W lipcu 1929 przyjęto zasadę, że bataliony przyjmą nazwę miejscowości będącej miejscem ich stacjonowania. Obok nazwy geograficznej, do 1931 stosowano również numer batalionu. W tym czasie batalion na uzbrojeniu posiadał 738 karabinów Berthier wz.1916, 49 ręcznych karabinów maszynowych Chauchat wz. 1915 i 2 ciężkie karabiny maszynowe wz.1914.
W wyniku reorganizacji batalionu w 1931, w miejsce istniejących plutonów karabinów maszynowych, utworzono kompanię karabinów maszynowych. Rozwinięto też kadry kompanii szkolnej do pełnoetatowej kompanii odwodowej. Po przeprowadzonej reorganizacji „R.2” batalion składał się z dowództwa batalionu, plutonu łączności, kompanii karabinów maszynowych, kompanii odwodowej i trzech kompanii granicznych. W listopadzie 1936 batalion etatowo liczył 19 oficerów, 70 podoficerów, 26 nadterminowych i 550 żołnierzy służby zasadniczej.