Rozkazem dowódcy KOP z 23 lutego 1937 została zapoczątkowana pierwsza faza reorganizacji Korpusu Ochrony Pogranicza „R.3”. Jej wynikiem było między innymi przeorganizowanie batalionu KOP „Troki” i odebranie batalionowi charakteru jednostki administracyjnej z jednoczesnym zreorganizowaniem dowództwo batalionu. Jednostką administracyjną dla batalionu był pułk KOP „Wilno”, ale podkwatermistrzostwo batalionu zaopatrywało posterunek żandarmerii przy pułku KOP „Wilno”. Zarządzeniem dowódcy KOP gen. bryg. Jana Kruszewskiego w sprawie zmian w kwatermistrzostwie KOP, dniem 1 kwietnia 1939 zlikwidowane zostało podkwatermistrzostwo batalionu, a utworzono kwatermistrzostwo. W związku ze zlikwidowaniem kwatermistrzostwa w pułkach „Wilno” i „Wilejka”, do batalionu przydzielono pod względem gospodarczym komendę rejonu PW „Wilno”, inspektora północnej grupy szwadronów kawalerii i lekarza weterynarii północnego rejonu weterynarii. Tym samym zarządzeniem, z dniem 1 kwietnia 1939 utworzono w batalionie etat oficera ewidencyjno-personalnego w stopniu kapitana. Oficer ten był faktycznie oficerem mobilizacyjnym baonu. Z dniem 15 maja 1939 batalion stał się oddziałem gospodarczym.