Służba ochronna pełniona była systemem zmiennym, polegającym na stałym patrolowaniu strefy nadgranicznej i tyłowej, wystawianiu posterunków alarmowych, obserwacyjnych i kontrolnych stałych, patrolowaniu i organizowaniu zasadzek w miejscach rozpoznanych jako niebezpieczne, kontrolowaniu dokumentów i zatrzymywaniu osób podejrzanych, a także utrzymywaniu ścisłej łączności między oddziałami i władzami administracyjnymi. Batalion graniczny KOP „Troki” w 1934 ochraniał odcinek granicy państwowej szerokości 56 kilometrów 370 metrów. Po odtworzeniu w 1939, batalion ochraniał granicę długości 58 kilometrów 215 metrów.
Bataliony sąsiednie: batalion KOP „Orany” ⇔ batalion KOP „Niemenczyn”
Walki batalionu 17 września 1939 znad granicy litewskiej do Wilna zostały ściągnięte trzy baony graniczne pułku KOP „Wilno”: „Orany”, „Troki” i „Niemenczyn”. Batalion KOP „Troki” zajął pozycje na przedmieściu Markucie w kierunku bramy tego cmentarza.
Bataliony pułku KOP „Wilno” znalazły się w trudnym położeniu. Pozbawione broni przeciwpancernej były bezbronne wobec nacierających czołgów. Dowódca pułku ppłk Kazimierz Kardaszewicz wyprowadził z miasta baony „Orany" i „Niemenczyn".
Baon „Troki” nadal prowadził walkę.