W wyniku reorganizacji batalionu w 1931, w miejsce istniejących plutonów karabinów maszynowych, utworzono kompanię karabinów maszynowych. Rozwinięto też kadry kompanii szkolnej do pełnoetatowej kompanii odwodowej. Po przeprowadzonej reorganizacji „R.2” batalion składał się z dowództwa batalionu, plutonu łączności, kompanii karabinów maszynowych, trzech kompanii odwodowych i czterech kompanii granicznych. W listopadzie 1936 batalion etatowo liczył 26 oficerów, 88 podoficerów, 35 nadterminowych i 817 żołnierzy służby zasadniczej.
Rozkazem dowódcy KOP z 23 lutego 1937 została zapoczątkowana pierwsza faza reorganizacji Korpusu Ochrony Pogranicza „R.3”. Batalion otrzymał nowy etat. Był jednostką administracyjną dla dowództwa Brygady KOP „Grodno”, szwadronu kawalerii KOP „Okleniki”, kompanii saperów KOP „Grodno”, I rejonu intendentury KOP, placówki wywiadowczej KOP nr 1, plutonu żandarmerii KOP „Grodno”, posterunku żandarmerii KOP „Druskieniki” i posterunku żandarmerii KOP „Orany”. Zarządzeniem dowódcy KOP gen. bryg. Jana Kruszewskiego w sprawie zmian w kwatermistrzostwie KOP, dniem 1 kwietnia 1939 utworzono w batalionie etat oficera ewidencyjno-personalnego w stopniu kapitana. Oficer ten był faktycznie oficerem mobilizacyjnym baonu.