Stanowisko kwatermistrza batalionu przemianowane zostało na stanowisko zastępcy dowódcy batalionu do spraw gospodarczych, płatnika na stanowisko oficera gospodarczego, zastępcy oficera materiałowego dla spraw uzbrojenia na zbrojmistrza, zastępcy oficera materiałowego dla spraw żywnościowych na oficera żywnościowego.
Batalion KOP „Sejny” był jednostką mobilizującą. Zgodnie z planem mobilizacyjnym „W” w ciągu 72 godzin formował II batalion 134 pułku piechoty (rezerwowego), natomiast sam, w ciągu 24 godzin, uzupełniał swoje stany. Oba pododdziały formowały się w mobilizacji niejawnej, w grupie jednostek oznaczonych kolorem żółtymRyszard Rybka, Kamil Stepan, Najlepsza broń. Plan mobilizacyjny „W” i jego ewolucja, Oficyna Wydawnicza „Adiutor”, Warszawa 2010, , s. 169..
W kampanii wrześniowej II/134 pp walczył w składzie rezerwowej 33 Dywizji Piechoty.