Po przeprowadzonej reorganizacji „R.2” batalion składał się z dowództwa batalionu, plutonu łączności, kompanii karabinów maszynowych, kompanii odwodowej i trzech kompanii granicznych. W listopadzie 1936 batalion etatowo liczył 20 oficerów, 71 podoficerów, 27 nadterminowych i 561 żołnierzy służby zasadniczej.
Rozkazem dowódcy KOP z 23 lutego 1937 została zapoczątkowana pierwsza faza reorganizacji Korpusu Ochrony Pogranicza „R.3”. Jej wynikiem było między innymi przeorganizowanie batalionu KOP „Nowe Święciany” poprzez odebranie batalionowi charakteru jednostki administracyjnej z jednoczesnym zreorganizowaniem dowództwo batalionu. Po rozformowaniu Brygady KOP „Wilno”, batalion wszedł w skład pułku KOP „Wilno”. jednostką administracyjną dla batalionu był pułk KOP „Wilno”, ale podkwatermistrzostwo batalionu zaopatrywało szwadron kawalerii KOP „Nowe Święciany”, posterunek żandarmerii KOP „Święciany” i komendę powiatu pw KOP „Święciany”. Zarządzeniem dowódcy KOP gen. bryg. Jana Kruszewskiego w sprawie zmian w kwatermistrzostwie KOP, dniem 1 kwietnia 1939 zlikwidowane zostało podkwatermistrzostwo batalionu, a sformowano kwatermistrzostwo.