Z dniem 15 maja 1939 batalion stał się oddziałem gospodarczym. Stanowisko kwatermistrza batalionu przemianowane zostało na stanowisko zastępcy dowódcy batalionu do spraw gospodarczych, płatnika na stanowisko oficera gospodarczego, zastępcy oficera materiałowego dla spraw uzbrojenia na zbrojmistrza, zastępcy oficera materiałowego dla spraw żywnościowych na oficera żywnościowego.
Działania batalionu w 1939 Zmobilizowany w kwietniu 1939 batalion został skierowany w rejon Żywca. Batalion został włączony w struktury 1 Brygady Górskiej jako III batalion 2 pułku piechoty KOP, dzieląc losy innych jednostek Armii „Kraków”.
9 września 1939 część batalionu KOP „Wołożyn” pod dowództwem kpt. Piotra Tymkiewicza oraz 4 batalion forteczny por. Andrzeja Krawca stoczyły bój z nacierającymi na Kolbuszową oddziałami niemieckiej 2 Dywizji Pancernej. W czasie walk poległ między innymi por. Włodzimierz Dolecki.
Po odejściu batalionu włączonego do 1 Brygady Górskiej, garnizon i kadra jednostki w Wołożynie nie odtworzyła batalionu i skoncentrowała się na wsparciu organizacyjnym dla odtwarzanego batalionu „Iwieniec”.
Żołnierze batalionu