Rozbiórka kościoła trwała w latach 1846-1852. Napotkała ona duże problemy. Nie można było zniszczyć starych gotyckich murów, używano do tego celu dynamitu. Gruz posłużył do budowy domku ogrodnika oraz drogi w kierunku Lubartowa. Podobno w miejscu ołtarza znaleziono pień dębu, pod którym miał spać Leszek Czarny. Tygodnik Ilustrowany z 1860 roku podaje: „Jakoż w rzeczy samej przy rozbieraniu murów tego gmachu znaleziono pod nawą wielkiego ołtarza pień dębowy, starannie cegłą wokoło obmurowany, którego część znaczną znakomity nasz pisarz J. I. Kraszewski w zbiorach swoich starożytności posiada.". Krypty kościoła oraz fundamenty zasypano, uformowano w tym miejscu plac. Również w 1852 zlikwidowano cmentarz, który znajdował się obok fary, prochy ekshumowano i przeniesiono na nowo powstały cmentarz przy ul. Lipowej, pochowano je w zbiorowej mogile.