30 sierpnia 1939 batalion został podporządkowany dowódcy zastępczego pułku KOP „Czortków”. Od 17 września 1939 odpierał agresję ZSRR.
Służba graniczna Batalion graniczny był podstawową jednostką taktyczną Korpusu Ochrony Pogranicza przeznaczoną do pełnienia służby ochronnej na powierzonym mu odcinku granicy polsko-radzieckiej, wydzielonym z pasa ochronnego brygady. Odcinek batalionu dzielił się na pododcinki kompanii, a te z kolei na pododcinki strażnic, które były „zasadniczymi jednostkami pełniącymi służbę ochronną”, w sile półplutonu. Służba ochronna pełniona była systemem zmiennym, polegającym na stałym patrolowaniu strefy nadgranicznej i tyłowej, wystawianiu posterunków alarmowych, obserwacyjnych i kontrolnych stałych, patrolowaniu i organizowaniu zasadzek w miejscach rozpoznanych jako niebezpieczne, kontrolowaniu dokumentów i zatrzymywaniu osób podejrzanych, a także utrzymywaniu ścisłej łączności między oddziałami i władzami administracyjnymi. Batalion graniczny KOP „Skałat” w 1934 ochraniał odcinek granicy państwowej szerokości 91 kilometrów 681 metrów. Po odtworzeniu w 1939, batalion ochraniał granicę długości 89 kilometrów 75 metrów.
Bataliony sąsiednie: 4 batalion KOP „Dederkały” ⇔ 13 batalion KOP „Kopyczyńce”